BPUPKI telah mengadakan sidang dua kali dan menghasilkan keputusan yang penting bagi negara Indonesia. Namun, jangan dibayangkan dibayangkan bahwa dalam setiap sidang-sidang BPUPKI tidak terdapat perbedaan pendapat.
Dalam setiap persidangan BPUPKI selalu muncul beberapa pendapat dalam rumusan dasar negara, mukadimah, dan batang tubuh undang-undang dasar (UUD). dalam sidang BPUPKI 1 terdapat dua golongan yang berbeda pendapat. Berikut ini golongan tersebut.
- Golongan Islam yang menginginkan Indonesia ditagakkan menurut syariat Islam.
- Golongan Nasionalis yang menginginkan Indonesia ditegakkan berdasarakan paham kebangsaan.
Dalam sidang BPUPKI 2 Muncul perbedaan pendapat mengenai bentuk negara. Mereka memperdebatkan bentuk negara kerajaan (monarki), negara Islam, negara federal, dan negara republik. Akhirnya diplih bentuk negara republik.
Pada sidang PPKI juga terdapat perbedaan pendapat mengenai wilayah negara, pemilihan presiden dan wakil presiden, rumusan dasar negara, kementrian, serta pembagian daerah. Dalam sidang PPKI, perdebatan golongan nasionalis dan golongan sekuler muncul kembali. perbedaan tersebut terutama dalam rumusan dasar negara. Golongan Islam ingin tetap seperti pada Piagam Jakarta yang berbunyi, "Ketuhanan dengan menjalankan syariat Islam bagi para pemeluknya". Setelah melaui pedebatan dan demi menjaga persatuan dan kesatuan bangsa, akhirnya semua golongan menerima sila pertama yang berbunyi " Ketuhanan yang Maha Esa". Penepatan ini memberikan keleluasaan bagi perbedaan agama dan kepercayaan yang dianutnya.